#QUERY: #Match: All #Protein-protein interaction: Parallel to DNA helix #PDB_ID ENTRY_ID PUBMED_ID RESOLUTION SPECIES MULTICOMPLEXITY NO_INTERFACES ASYMMETRIC_UNIT BIOLOGICAL_UNITS IS_CRUCIFORM HAS_ZDNA HAS_WATER CLASSIFICATION TYPE SUBTYPE COMPLEX_ID INTERFACE_ID DNA_DOUBLE_STRAND DNA_SINGLE_STRAND STICKY_ENDS FLIPPED_BASE NICKED_DNA GAPPED_DNA OPEN_DNA MODIFIED_DNA PROTEIN_MONOMERS MULTIMERIZATION PROT_PROT_INTERACTION DNA_PROT_INTERACTION PROT_CHAIN_IDS PROT_SEQS DNA_CHAIN_IDS DNA_SEQS SEQ_GROUPS INTERFACE_GROUP NUMBER_EFF_CONTACTS GROOVE_CONTACTS(MA;MI;BB;NA) TYPE_CONTACTS(1;2;3;4;5;6;7;8;9;10;11;12;13;14;15;16;17;18;19;20) 1A6Y 1a6y_1_1 9660968 2.3 HOMO SAPIENS 1 1 0 1 0 0 1 Transcription factor Zinc Coordinating Hormone Nuclear Receptor, Orphan Nuclear Receptor NR1D1 1 1 1 0 0, 0 0 0 0 0 1 2 1 2 1 A;B LLCKVCGdVAsgfhyGVLACegCkgfFrrSIqQNiykRCLKNENCSIVRINrnrCqQCrFKKCLSVGMSrDAvrfgr;GMVLLCKVCGdvAsgfhyGVLACegCkgfFrrSiqQNiyKRCLKNENCSIVrINrnRCqQCrFKKCLSVGMSrDAvrfgripk C;D CAactaggtCacaggtCAG;ctgaccTagtgaccTAgttg 54 664 428 69;27;332;0 11;0;9;0;4;3;2;4;20;0;16;0;0;0;0;0;0;27;64;268 1A73 1a73_1_1 9665136 1.8 PHYSARUM POLYCEPHALUM 1 1 0 1 0 0 1 Enzyme Endonuclease Endonuclease I-PpoI 1 1 1 0 1, 1 0 2 0 0 0 2 1 2 1 A;B ALTNAQILAVIDSWEETVGQFPVITHHVPLGGGLQGTLHCYEIPLAapygvgfaknGPtrWqYkrtINqVvHrwgShtVPFLLEPDNINGktCtaShLChNtRCHNPLHLCwESldDnkGRnWCPGPNGGCVHAVVCLRQGplYGPGATVAGPQQRGSHFVV;ALTNAQILAVIDSWEETVGQFPVITHHVPLGGGLQGTLHCYEIPLAapyGvgfaknGPtrWqYkrtINqVvHrwgShtVPFLLEPDNINgktCtaShLCHNtRCHNPLHLCwESldDnkGRnWCPGPNGGCVHAVVCLRQGplYGPGATVAGPQQRGSHFVV C;D;E;F ttgactcTCttaa;gagagTCA;ttgactcTCttaa;gagagTCA 29 7 385 117;22;246;0 18;0;9;0;4;0;4;0;13;8;19;0;0;0;0;3;8;21;51;227 1A74 1a74_1_1 9665136 2.2 PHYSARUM POLYCEPHALUM 1 1 0 1 0 0 1 Enzyme Endonuclease Endonuclease I-PpoI 1 1 1 0 1, 1 0 0 0 0 0 2 1 2 1 A;B ALTNAQILAVIDSWEETVGQFPVITHHVPLGGGLQGTLHCYEIPLAapygvgfaknGPTrWqYkrtINqVvHrwgShtVPFLLEPDNINGktCtashLChNtRCHNPLHLCwESldDnkGRnWCPGPNGGCVHAVVCLRQGplYGPGATVAGPQQRGSHFVV;ALTNAQILAVIDSWEETVGQFPVITHHVPLGGGLQGTLHCYEIPLAapygvgfaknGPTrWqYkrtINqVvHrwgShtVPFLLEPDNINGktctashLChNtRCHNPLHLCwESldDnkGRnWCPGPNGGCVHAVVCLRQGplYGPGATVAGPQQRGSHFVV C;D ttgactcTCttaagagagtCA;ttgactcTCttaagagagTCA 29 7 402 115;21;266;0 14;0;8;0;6;0;4;0;17;11;18;0;0;0;0;3;8;21;47;245 1AKH 1akh_1_1 9838003 2.5 SACCHAROMYCES CEREVISIAE 1 1 0 1 0 0 1 Transcription factor Helix Turn Helix Homeodamain, Mat Alpha 2 1 1 1 0 2, 2 0 0 0 0 0 2 2 2 1 A;B iSPQArAFLeEVFRRKQslnsKEkEEVAKKCGITPlqVrvwFinKrmrS;TKpyrghrfTkENvRILeSWFAKNIENPylDTKGLENLMKNTSLSriqIknwVsnRrrkEkTITIAPELADLLSGEPL C;D TacatgtaaaaatttacatCA;TAtgatgTAAATTtttacaTG 121;123 662 322 76;26;220;0 12;1;11;1;5;1;0;1;18;4;8;0;0;0;0;3;1;18;47;191 1B3T 1b3t_1_1 9878348 2.2 EPSTEIN-BARR VIRUS 1 1 0 1 0 0 1 Structural|DNA Binding protein Replication Origin Binding Protein, EBNA-1 1 1 1 0 0, 0 0 0 0 0 0 2 1 2 1 A;B kggwfGkhrgqggSnPkfEniAEGLRALLARSHVERTTDEGTWVAGVFVYGGsktsLynLrrGTALAIPQCRLTplsrLPFGMAPGPGPQPGPlReSiVcYFMVFLQTHIFAEVLKDAIKDLVMTkpAptCNIRVTVCSFDDGVDLP;kggwfGkhrgqggSnPkfEniAEGLRALLARSHVERTTDEGTWVAGVFVYGGsktsLynLrrGTALAIPQCRLTplsrLPFGMAPGPGPQPGPlReSiVcYFMVFLQTHIFAEVLKDAIKDLVMTkpAptCNIRVTVCSFDDGVDLP C;D gggaagcatatgcttccC;gggaagcatatgcttccC 166 658 549 59;69;421;0 5;2;10;0;1;6;4;4;29;8;27;2;0;0;0;0;0;23;108;320 1BDT 1bdt_1_1 9927650 2.5 BACTERIOPHAGE P22 1 2 0 1 0 0 1 Transcription factor Ribbon|Helix|Helix Arc Repressor 1 1 1 0 1, 1 0 0 0 0 0 2 1 2 1 A;B mkgmsKMpqfnLrWPrEVLDLVrKVAEENGRsvnsEIYQRVMESFKKEGRIG;mkgmsKMpqfnLrWPREVLDLVrKVAEENgrsvnsEIYQRVMESFKKEGRIGA E;F tatagtagaGTGCtTCTATCAT;AATGATAGAAGcactctacTAT 106 651 209 81;0;128;0 5;1;6;0;5;0;0;0;3;8;21;0;0;0;0;4;4;4;33;115 1BDT 1bdt_1_2 9927650 2.5 BACTERIOPHAGE P22 1 2 0 1 0 0 1 Transcription factor Ribbon|Helix|Helix Arc Repressor 1 2 1 0 1, 1 0 0 0 0 0 2 1 2 1 C;D mkgmsKMpqfnLrWPREVLDLVrKVAEENGRsvnsEIYQRVMESFKKEGR;mkgmskmpqfnLrWPREVLDLVrKVAeENgrsvnsEIYQRVMESFKKEGR E;F TATAGTAGAGTgcttctatCAT;aatgatagaAGCacTCTACTAT 106 650 230 89;0;141;0 4;0;10;0;6;1;0;0;3;12;22;0;0;0;0;5;2;6;33;126 1CYQ 1cyq_1_1 10581547 1.93 PHYSARUM POLYCEPHALUM 1 1 0 1 0 0 1 Enzyme Endonuclease Endonuclease I-PpoI 1 1 1 0 1, 1 0 0 0 0 0 2 1 2 1 A;B ALTNAQILAVIDSWEETVGQFPVITHHVPLGGGLQGTLHCYEIPLAapygvgfaknGPTrWqYkrtINqVvHrwgShtVPFLLEPDNINGktCtasaLChNtRCHNPLHLCwESldDnkGRnWCPGPNGGCVHAVVCLRQGplYGPGATVAGPQQRGSHFVV;ALTNAQILAVIDSWEETVGQFPVITHHVPLGGGLQGTLHCYEIPLAapygvgfaknGPTrWqYkrtiNqVvHrwgShtVPFLLEPDNINGktCtasaLChNtRCHNPLHLCwESldDnkGRnWCPGPNGGCVHAVVCLRQGplYGPGATVAGPQQRGSHFVV C;D ttgactcTCttaagagagTCA;ttgactcTCttaagagagTCA 29 7 393 118;21;254;0 20;0;9;0;4;0;4;0;17;8;21;0;0;0;0;3;8;19;53;227 1CZ0 1cz0_1_1 10581547 2.1 PHYSARUM POLYCEPHALUM 1 1 0 1 0 0 1 Enzyme Endonuclease Endonuclease I-PpoI 1 1 1 0 1, 1 0 0 0 0 0 2 1 2 1 A;B 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0 1, 1 0 0 0 0 0 2 1 2 1 A;B grkkiQITRIMDErnRQvtFTkrKFgLMkKAYeLSVLCDCEIALIIFNSSNKLFQYASTDMDKVLLKYTEY;grkkiQITRIMDErnRQvtFTkrKFgLMkKAYeLSVLCDCEIALIIFNSSNKLFQYASTDMDKVLLKYTEYN E;F aAAgctatTatTagctT;TaAgctaAtaAtagcTT 98 128 236 21;43;172;0 3;0;6;0;0;4;0;4;14;2;9;0;0;0;0;0;0;12;31;151 1EGW 1egw_2_1 10715212 1.5 HOMO SAPIENS 2 1 1 2 0 0 1 Transcription factor Alpha Helix MADS box, MEF2A 2 1 1 0 1, 1 0 0 0 0 0 2 1 2 1 C;D grkkiQITRIMDErnRQvtFTkrKFgLMkKAYeLSVLCDCEIALIIFNSSNKLFQYASTDMDKVLLKYTEYN;grkkiQITRIMDErnRQvtFTkrKFgLMkKAYeLSVLCDCEIALIIFNSSNKLFQYASTDMDKVLLKYTEY G;H taAgctaAtaAtagctT;aAAgctatTatTagctT 98 128 233 19;45;169;0 3;0;6;0;0;4;0;4;10;2;10;0;0;0;0;0;0;12;33;149 1F4K 1f4k_1_1 11224562 2.5 BACILLUS SUBTILIS 1 1 0 1 0 0 1 Structural|DNA Binding protein Replication Replication Termination Protein 1 1 1 0 0, 0 0 0 0 0 0 2 1 2 1 A;B 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Endonuclease Endonuclease I-CreI 1 1 1 0 0, 0 0 2 0 0 0 2 1 2 1 A;B NTKYNKEFLLYLAGFVDgdgsIiaqikpnQsykfKHqlsLTFqVtqkTQrRWFLDKLVDEIGVgyVrdrGsvSDYiLseiKPLHNFLTQLQPFLKLkQKQANLVLKIIEQlPSAkESPDKFLEVCTWVDQiaALndsktrktTSETVRAVLD;NTKYNKEFLLYLAGFVDgdgsIiaqikpnQsykFKHqlsLTFqVtqkTQrRWFLDKLVDEIGVGyVrdrGsvSDYiLseikPLHNFLTQLQPFLKLkQKQANLVLKIIEQlPSAkESPDKFLEVCTWVDQIaALndsktrktTSETVRAVLD C;D;E;F gcaaaacgtcgtga;gacagttTCG;cgaaactgtctcac;gacgtttTGC 4 11 675 186;17;471;1 14;10;19;5;6;0;0;0;13;13;26;0;0;0;0;3;3;34;128;401 1GA5 1ga5_1_1 11669620 2.4 HOMO SAPIENS 2 1 1 2 0 0 1 Transcription factor Zinc Coordinating Hormone Nuclear Receptor, Orphan Nuclear Receptor NR1D1 1 1 1 0 0, 0 0 0 0 0 1 2 1 2 1 A;B VLLCKVCGdvAsgfhyGVLACegCkgfFrrSIQQNIykRCLKNENCSIVRINrnRCqQCrFKKCLSVGMSrDAvrfgripk;VLLCKVCGdVAsgfhyGVLACegCkgfFrrSIqQNIykRCLKNENCSIVRINrnrCqQCrFKKCLSVGMSrDAvrfgr C;D CAactaggtcactaggtCAG;ctgacCTAgtgaccTAgtg 54 118 408 75;30;303;0 10;0;11;0;3;2;2;2;24;0;12;0;0;0;0;0;1;25;59;257 1GA5 1ga5_2_1 11669620 2.4 HOMO SAPIENS 2 1 1 2 0 0 1 Transcription factor Zinc Coordinating Hormone Nuclear Receptor, Orphan Nuclear Receptor NR1D1 2 1 1 0 0, 0 0 0 0 0 1 2 1 2 1 E;F VLLCKVCGdvAsgfhyGVLACegCkgfFrrSIqQNIykRCLKNENCSIVRINrnRCqQCrFKKCLSVGMSrDAvrfgrip;VLLCKVCGdVAsgfhyGVLACegCkgfFrrSIqQNIyKRCLKNENCSIVRINrnrCqQCrFKKCLSVGMSrDAvrfg G;H CAactaggtcactaggtCAG;ctgacCTAgtgaccTAgtg 54 118 405 74;33;298;0 11;0;12;0;4;2;2;4;22;0;15;0;0;0;0;0;0;19;60;254 1GXP 1gxp_1_1 12015152 2.5 ESCHERICHIA COLI 2 1 1 2 0 0 1 Transcription factor Alpha Helix PhoB 1 1 1 0 1, 1 0 0 0 0 0 2 1 2 1 A;B AVEEVIEMQGLSLDPTSHRVMAGEEPLemgpteFKLLHFFMTHPERVYSrEQLLNHVwGTNVyveDrtVdvhIrrLrKALePGGHDRMVQtvrgTgyRFSTRF;EEVIEMQGLSLDPTSHRVMAGEEPLemgpteFKLLHFFMTHPERVYsrEQLLNHVwGTNVyvedrtVdvhIrrLrKALePGGHDRMVQtvrgtgyRFSTRF C;D GAGctgtcaTAAagttgtcaCGG;cccgtgaCAACtttatgaCAGCT 91 603 319 92;13;209;5 8;0;10;0;0;0;2;0;12;11;13;0;0;0;0;2;1;29;48;183 1GXP 1gxp_2_1 12015152 2.5 ESCHERICHIA COLI 2 1 1 2 0 0 1 Transcription factor Alpha Helix PhoB 2 1 1 0 1, 1 0 0 0 0 0 2 1 2 1 E;F VEEVIEMQGLSLDPTSHRVMAGEEPLemgpteFKLLHFFMTHPERVYSrEQLLNHVwGTNVyveDrtVdvhirrLrKALEPGGHDRMVQtvrgTgyRFSTRF;VEEVIEMQGLSLDPTSHRVMAGEEPLEmgpteFKLLHFFMTHPERVYsrEQLLNHVwGTNVyvedrtVdvhIrrLrKALePGGHDRMVQtvrgtgyRFSTRF G;H GAGctgtcATAAagttgtcACGG;cccgtgaCAACtttatgaCAGCT 91 602 315 85;11;216;3 8;0;9;0;0;0;1;0;14;11;15;0;0;0;0;3;3;24;51;176 1H6F 1h6f_1_1 12005433 1.7 HOMO SAPIENS 1 1 0 1 0 0 1 Transcription factor Beta Sheet T Box, TBX3 1 1 1 0 2, 2 0 0 0 0 0 2 1 2 1 A;B DPKVHLEAKELWDQFHKRGTEMvitksgrrmfPPFKVRCSGLDKKAKYILLMDIIAADDCrYkfhNSRWMVAGKADPEMPKRMYIHPDSPATGEQWMSKVVTFhKLkLTnNISDKHGFTILNsmHKYQPRFHIVRANDILKLPYSTFRTYLFPETEFIAVtayqNdKItQLkiDNnpfakgfRD;KDDPKVHLEAKELWDQFHKRGTEMvitksgrrmfPPFKVRCSGLDKKAKYILLMDIIAADDCRYkfHNSRWMVAGKADPEMPKRMYIHPDSPATGEQWMSKVVTFHKLkLTnNISDKHGFTILNsmHKYQPRFHIVRANDILKLPYSTFRTYLFPETEFIAVtayqNdKItqLkiDNnpfakgfRD C;D TAatttcACacctaggtgtGAAAT;TAatttcACacctaggtgtgAAAT 161 601 376 41;26;309;0 2;0;2;0;0;0;2;0;19;8;8;0;0;0;0;4;4;15;86;226 1HCQ 1hcq_1_1 8221895 2.4 HOMO SAPIENS 2 1 1 2 0 0 1 Transcription factor Zinc Coordinating Hormone Nuclear Receptor, Estrogen Receptor 1 1 1 0 1, 1 0 0 0 0 0 2 1 2 1 A;B MKETRYCAVCNdYAsgyhyGVwSCegCkafFkrSiqGHNDyMCPATNQCTIDKNRrkSCqACrLRKCYEVGMMk;TRYCAVCNdYAsgyhyGVwSCegCkafFkrSiqGHnDyMCPATNQCTIDkNRrkSCqACrLRKCYEVGMMk C;D CcaggtCACAgtgacCTG;CcaggtCACTgtgacCTG 97 596 243 66;0;177;0 10;0;9;0;2;0;1;0;13;0;8;0;0;0;0;2;0;21;25;152 1HCQ 1hcq_2_1 8221895 2.4 HOMO SAPIENS 2 1 1 2 0 0 1 Transcription factor Zinc Coordinating Hormone Nuclear Receptor, Estrogen Receptor 2 1 1 0 1, 1 0 0 0 0 0 2 1 2 1 E;F MKETRYCAVCNdYAsgyhyGVWScegCkafFkrSiQGHNDyMCPATNQCTIDkNRRKsCqACrLRKCYEVGMMk;KETRYCAVCNdYAsgyhyGVWSCegCkafFkrSiQGDyMCPATNQCTIDkNRRKsCqACrLRKCYEVGMMk G;H CcaggtCACAgtgacCTG;CcaggtCACTgtgacCTG 97 595 205 63;0;142;0 10;0;7;0;2;0;1;0;8;3;9;0;0;0;0;1;0;17;20;127 1HWT 1hwt_1_1 9886294 2.5 SACCHAROMYCES CEREVISIAE 2 1 1 2 0 0 1 Transcription factor Zinc Coordinating Heme Activator Protein 1 1 1 0 0, 0 0 0 0 0 0 2 1 2 1 C;D rIplsCTICrkrkvkcDkLRPHCQQCTktGVAHLCHYMEQTWAEEAEKELLKDNELKKLRERVKSLEKTL;rkrnriplsCTICrkrkvkcDkLRPHCQQCTKTGVAHLCHYMEqtwAEEAEKELLKDNELKKLRERVKSLEKTL A;B gcgcTATtatcgcTATTagC;GCTAAtagcgataatagcgC 57 116 261 58;20;183;0 7;0;9;0;0;0;6;0;10;4;13;0;0;0;0;0;5;12;44;151 1HWT 1hwt_2_1 9886294 2.5 SACCHAROMYCES CEREVISIAE 2 1 1 2 0 0 1 Transcription factor Zinc Coordinating Heme Activator Protein 2 1 1 0 0, 0 0 0 0 0 0 2 1 2 1 G;H rIplsCTICrKrkvkcDkLRPHCQQCTktGVAHLCHYmEQTwAEEAEKELLKDNELKKLRERVKSLEKTL;krnriplsCTICrkrkvkcDkLRPHCQQCTKTGVAHLCHYMEqtwAEEAEKELLKDNELKKLRERVKSLEKTL E;F gcgcTATtatcgcTATTagC;GCTAAtagcgataatagcgC 57 116 269 56;17;196;0 5;0;8;0;0;0;6;0;10;4;13;0;0;0;0;0;4;13;43;163 1IPP 1ipp_1_1 9665136 2.2 PHYSARUM POLYCEPHALUM 1 1 0 1 0 0 1 Enzyme Endonuclease Endonuclease I-PpoI 1 1 1 0 1, 1 0 0 0 0 0 2 1 2 1 A;B ALTNAQILAVIDSWEETVGQFPVITHHVPLGGGLQGTLHCYEIPLAapyGvgfaknGPtrWqYkrtINqVvHrwgShtVPFLLEPDNINGktctaShLChNtRCHNPLHLCwESldDnkGRnWCPGPNGGCVHAVVCLRQGplYGPGATVAGPQQRGSHFVV;ALTNAQILAVIDSWEETVGQFPVITHHVPLGGGLQGTLHCYEIPLAapyGvgfakngPtrWqYkrtiNqVvHrwgShtVPFLLEPDNINGktctaShLChNtRCHNPLHLCwESldDnkGRnWCPGPNGGCVHAVVCLRQGplYGPGATVAGPQQRGSHFVV C;D ttgactcTCttaagagagTCA;ttgactcTCttaagagagTCA 29 7 400 120;21;259;0 14;0;7;0;6;0;5;0;12;9;18;0;0;0;0;2;8;20;49;250 1J59 1j59_1_1 8757802 2.5 ESCHERICHIA COLI 1 1 0 1 0 0 1 Transcription factor Helix Turn Helix Catabolite Gene Activator Protein 1 1 1 0 1, 1 0 2 0 0 0 2 1 2 1 A;B PTLEWFLSHCHIHKYPSkSTLIHQGEKAETLYYIVKGSVAVLIKDEEGkEMILSYLNQGDFIGELGLFEEGQERSAWVRAKTACEVAEISYKKFRQLIQVNPDILMRLSAQMARRLQVTSEKVGNLAFLdvtGrIAQTLLNLAKQPDAMTHPDGMQIkItrqEIGQIVgcsretVgriLkMLEDQNLISAhgKTIVVYG;PTLEWFLSHCHIHKYPsKSTLIHQGEKAETLYYIVKGSVAVLIKDEEGkEMILSYLNQGDFIGELGLFEEGQERSAWVRAKTACEVAEISYKKFRQLIQVNPDILMRLSAQMARRLQVTSEKVGNLAFLdvtGrIAQTLLNLAKQPDAMTHPDGMQIkItrqeIGQIVGcsretVgriLkMLEDQNLISAhgKTIVV C;D;E;F GCGAAAagtgtgaC;ATatgtcacACTtttcG;GCGAAAAgtgtgaC;ATatgtcaCACTtttcG 62 583 274 70;0;204;0 6;0;12;0;4;0;0;0;7;15;11;0;0;0;0;6;0;18;31;164 1JE8 1je8_1_1 12352954 2.12 ESCHERICHIA COLI 2 1 1 2 0 0 1 Transcription factor Helix Turn Helix Response Regulator Protein NARL 1 1 1 0 0, 0 0 0 0 0 0 2 1 2 1 A;B RDVNQLtprERDILKLIAQGLpnkIARRLDitestVkvhvkhlkKKlksrvEAAVWVHQERIF;RDVNQLtprERDILKLIAQGLpnkIARRLDitestVkvhvkhlkKKlksrvEAAVWVHQERIF C;D cgtaccCATTaatgggtACG;cgtaccCATTaatgggtACG 32 6 311 84;0;227;0 7;0;6;0;0;0;2;0;6;17;11;0;0;0;0;0;4;17;49;192 1JE8 1je8_2_1 12352954 2.12 ESCHERICHIA COLI 2 1 1 2 0 0 1 Transcription factor Helix Turn Helix Response Regulator Protein NARL 2 1 1 0 0, 0 0 0 0 0 0 2 1 2 1 E;F ERDVNQLtprERDILKLIAQGLpnkIARRLDitestVkvhvkhlkKKlksrvEAAVWVHQERIF;RDVNQLtprERDILKLIAQGLpnkIARRLDitestVkvhvkhlkKKlksrvEAAVWVHQERIF G;H cgtacCCATTaatgggtACG;cgtaccCATTaatgggtACG 32 6 309 84;0;225;0 8;0;6;0;0;0;2;0;6;17;11;0;0;0;0;0;4;15;51;189 1JJ4 1jj4_1_1 10906136 2.4 HUMAN PAPILLOMAVIRUS TYPE 18 1 1 0 1 0 0 1 Transcription factor Alpha|Beta Regulatory Protein E2 1 1 1 0 0, 0 0 0 0 0 0 2 1 2 1 A;B MTPIIHLKGdrnsLkcLryrLrKHSDHYRDISstWhWtKTGILTVTYHSETQRTKFLNTVaIpdsVQILVGYMT;HMTPIIHLKGdrnsLkcLryrLrkHSDHYRDISstWhWtEKTGILTVTYHSETQRTKFLNTVAIpDsVQILVGYMT C;D caacCGAAttcggtTG;caacCGAAttcggtTG 190 579 212 74;0;138;0 7;0;4;0;2;0;1;0;4;9;2;0;1;2;0;2;0;22;45;111 1L3L 1l3l_1_1 12087407 1.66 AGROBACTERIUM TUMEFACIENS 2 1 1 2 0 0 1 Transcription factor Helix Turn Helix TraR Activator 1 1 1 0 0, 0 0 0 0 0 0 2 1 2 1 A;C QHWLDKLTDLAAIEGDECILKTGLADIADHFGFTGYAYLHIQHRHITAVTNYHRQWQSTYFDKKFEALDPVVKRARSRKHIFTWSGEHERPTLSKDERAFYDHASDFGIRSGITIPIKTANGFSFTASDKPVIDLDREIDAVAAAATIGQIHARISFLRTTPTAEDAAwLDPkEATYLRWiAVGKteeIADVEGVkynsVrvkLreAKRFDvrskAHLTALAIRRKLI;QHWLDKLTDLAAIEGDECILKTGLADIADHFGFTGYAYLHIQHRHITAVTNYHRQWQSTYFDKKFEALDPVVKRARSRKHIFTWSGEHERPTLSKDERAFYDHASDFGIRSGITIPIKTANGFSFTASDKPVIDLDREIDAVAAAATIGQIHARISFLAWLDPKEATYLRWiAVGKteEIADVEGVkynsVrvkLreAKRFDvrskAHLTALAIRRKLI F;H GAtgtgcAGAtctgcaCATC;GatgtgcAGAtctgcaCATC 77 108 203 73;0;130;0 5;0;15;0;0;0;0;0;6;6;4;0;0;0;0;2;0;17;25;123 1L3L 1l3l_2_1 12087407 1.66 AGROBACTERIUM TUMEFACIENS 2 1 1 2 0 0 1 Transcription factor Helix Turn Helix TraR Activator 2 1 1 0 0, 0 0 0 0 0 0 2 1 2 1 B;D QHWLDKLTDLAAIEGDECILKTGLADIADHFGFTGYAYLHIQHRHITAVTNYHRQWQSTYFDKKFEALDPVVKRARSRKHIFTWSGEHERPTLSKDERAFYDHASDFGIRSGITIPIKTANGFSFTASDKPVIDLDREIDAVAAAATIGQIHARISFLRTTPTAEDAAwLDPkEATYLRWiAVGKteeIADVEGVkynsVrvkLreAKRFDvrskAHLTALAIRRKLI;QHWLDKLTDLAAIEGDECILKTGLADIADHFGFTGYAYLHIQHRHITAVTNYHRQWQSTYFDKKFEALDPVVKRARSRKHIFTWSGEHERPTLSKDERAFYDHASDFGIRSGITIPIKTANGFSFTASDKPVIDLDREIDAVAAAATIGQIHARISFLAWLDPKEATYLRWiAVGKteeIADVEGVkynsVrvkLreAKRFDvrskAHLTALAIRRKLI E;G GAtgtgcAGAtctgcaCATC;GatgtgcAGAtctgcaCATC 77 108 202 74;0;128;0 5;0;15;0;0;0;0;0;4;6;4;0;0;0;0;2;0;18;27;121 1LE8 1le8_1_1 12121651 2.3 SACCHAROMYCES CEREVISIAE 1 1 0 1 0 0 1 Transcription factor Helix Turn Helix Homeodamain, Mat Alpha 2 1 1 1 0 1, 1 0 0 0 0 0 2 2 2 1 A;B KSsiSPQArAFLEQVFRRKQslNsKEkEEVAKKCGITPlqVrvwFinKrmrSk;rghrfTKENvRILeSWFAKNIENPylDTKGLENLMKNTSLSriqIknwVaaRrakEktiTIAPELADLLSGEPL C;D acatgTAaaaatttacatCA;TtgatGtAAATTtttacaTG 121;123 553 271 61;14;196;0 5;0;7;0;2;0;1;0;11;3;4;0;0;0;0;1;1;18;41;177 1LLI 1lli_1_1 8278404 2.1 BACTERIOPHAGE LAMBDA 1 1 0 1 0 0 1 Transcription factor Helix Turn Helix Lambda Repressor 1 1 1 0 1, 1 0 0 0 0 0 2 1 2 1 A;B kkPlTQEQLEDARRLkAIyeKKkNELGLsqeSLADKLgmgqsgIgAlFnGinaLnAYnAALLAKILKVSVEEFSPSIAREIYEMYEAVS;stkkkPLTQEqLEDARRLkAIyeKKkNELGLsqeSLADKLgmgqsgIgalfnGinalnAYnAALLAKILKVSVEEFSPSIAREIYEMYEAVS D;E AataccACTggcggtgaTAT;TatatcaccgccagtggTAT 53 552 313 114;0;197;2 10;2;3;3;4;2;5;2;22;5;13;0;0;0;0;4;4;11;43;180 1LMB 1lmb_1_1 1387915 1.8 BACTERIOPHAGE LAMBDA 1 1 0 1 0 0 1 Transcription factor Helix Turn Helix Lambda Repressor 1 1 1 0 1, 1 0 0 0 0 0 2 1 2 1 3;4 PlTQEQLEDARRLkAIyeKKkNELGLsqeSVADKMgmgqsgVgalFnGinaLnAYnAALLAKILKVSVEEFSPSIAREIYEMYEAVS;StkkkPLTQEQLEDARRLkAIyeKKkNELGLsqeSVADKMgmgqsgVgalfnGinalnAYnAALLAKILKVSVEEFSPSIAREIYEMYEAVS 1;2 AataccACTggcggtgaTAT;TatatcaccgCCagtggTAT 53 550 275 103;0;172;0 8;2;5;3;3;0;3;0;20;2;9;0;0;0;0;5;2;12;35;166 1LQ1 1lq1_1_1 12176382 2.3 BACILLUS SUBTILIS 2 1 1 2 0 0 1 Transcription factor Helix Turn Helix Initiation Factor Spo0A 1 1 1 0 1, 1 0 0 0 0 0 2 1 2 1 A;B KKNLDASITSIIHEIGVpAhikgYLyLREAISMVYNDIELlgsitkVLyPDIAKKFNttAsrVeraIrhAIEvAWSrGNIDSISSLFAkptnsEFIAMVADKLRLEH;NLDASITSIIHEIGVpAhikgYLYLREAISMVYNDIELLGSITKVLYPDIAKKFNTTASrVEraIRhAIEvAWSrGNIDSISSLFAKPTNSEFIAMVADKLRL G;H TTcgtgtcGAATtttg;acAAAattcgaCACGA 88 549 248 62;0;186;0 1;0;6;0;3;0;0;0;0;8;11;0;0;0;0;5;1;12;51;150 1LQ1 1lq1_2_1 12176382 2.3 BACILLUS SUBTILIS 2 1 1 2 0 0 1 Transcription factor Helix Turn Helix Initiation Factor Spo0A 2 1 1 0 1, 1 0 0 0 0 0 2 1 2 1 C;D KNLDASITSIIHEIGVpAhikgYLyLREAISMVYNDIELLGSITKVLYPDIAKKFNTTASrVEraIRhAIEvAWSrGNIDSISSLFGYTKAKPTNSEFIAMVADKLRLEHKA;KNLDASITSIIHEIGVpAhikgYLyLREAISMVYNDIELlgsitkVLyPDIAKKFNttAsrVeraIrhAIEvAWSrGNIDSISSLFKAkptnsEFIAMVADKLRLEH E;F TTcgtgtcGAATtttg;ACAAAattcgaCACGA 88 548 240 70;0;170;0 2;0;6;0;2;0;1;0;2;8;11;0;0;0;0;6;1;14;50;137 1M5X 1m5x_1_1 12758074 2.25 MONOMASTIX SP. 1 1 0 1 0 0 1 Enzyme Endonuclease Endonuclease I-MsoI 1 1 1 0 0, 0 0 0 0 0 0 2 1 2 1 A;B TLQPTEAAYIAGFLDgdgsIyakliprPdykDIKYqVslAIsFiqrKDkFPYLQDIYDQLGKRgnlrKdrGdGiAdYtIigsthLSIILPDLVPYLRIkKKQANRILHIINLyPQAqkNPSKFLDLVKIVDDvqNLnkrADeLKSTnYDRLLEEFLKAGKI;TLQPTEAAYIAGFLDgdgsIyakliprPdykDIKYqVslAIsFiqrKDkFPYLQDIYDQLGKRgnlrKdrgdGiAdYtIigsthLSIILPDLVPYLRIkKKQANRILHIINLyPQAqkNPSKFLDLVKIVDDvqNLnkrADeLKSTnYDrLLEEFLKAGKI C;D gcagaacgtcgtgagacagtTCCG;cggaactgtcTcacgacgttcTGC 82 540 603 203;0;400;0 14;6;18;1;14;0;0;0;21;10;14;0;0;0;0;7;6;32;114;346 1MA7 1ma7_1_1 12779336 2.3 BACTERIOPHAGE P1 1 1 1 1 1 0 1 Enzyme Recombinase Cre Recombinase 1 1 1 0 0, 0 0 0 1 0 0 2 1 2 1 A;B TSDEVRKNLMDMFRDRQafsEhtWkmLLsVCrsWAAWCKLNNRKWFPAEPEDVRDYLLYLQArglaVktIqqhLgqLnmLHrrSGLPrPSDSNAVSLVMRRIRKENVDAGERakqALAFERTDFDQVRSLMENSDrCqDIrNLAFLGIAYNTLLriaEIArIRVKDISRTDGGRMLIHIGrtktLvsTAGVEKALSLGVTKLVERWISVSGVADDPNNYLFCrvrknGVAAPSATsqlstraLeGIFeATHRLIYGAKDDSgqryLawsghSARVGAARDMARAGVSIPEIMQAGgwtnVNiVMNyIRNLDSETGAMVRLLED;SDEVRKNLMDMFRDRQafsehtWkmLLsVCrsWAAWCKLNNRKWFPAEPEDVRDYLLYLQArglaVktIqqhLgqLnmLHrrSGLPrPsDSNAVsLVmrRIrkENVDAGerakqaLAFERTDFDQVRSLMENSDrCqDIrNLAFLGIAYNTLLriaeIArIRVKDISRTDGGRMLIHIGrtktLVSTAGVEKALSLGVTKLVERWISVSGVADDPNNYLFCrvrknGVAAPSATsqlstraLeGIFeATHRLIYGAkDDSgQryLawsghSArVGAARDMARAGVSIPEIMQAGGwtnVniVMnyIRNGAMVRLLED C;D ataacttagtataatgtgctatactaAGttat;ataacttagtatagcatacattatactaAGttat 15 539 969 201;44;724;0 19;0;21;0;6;1;3;0;52;41;33;0;0;0;2;16;8;54;167;546 1MJ2 1mj2_1_1 10986458 2.4 ESCHERICHIA COLI 1 2 0 1 0 0 1 Transcription factor Ribbon|Helix|Helix Methionine Repressor 1 1 1 0 1, 1 0 0 0 0 0 2 1 2 1 A;B AEWSGEYISPYAEhgKksEQvKkitVsIPLKVlKILTDErTRRkVNNlrhatnseLLCEAFLHAFTGQPLPDDADLRKERSDEIPEAAKEIMREMGINPETWEY;AEWSGEYISPYAEhgKksEQvkkitVsIPLKVLKILTDErTRRkVNNLRHAtnsELLCEAFLHAFTGQPLPDDADLRKERSDEIPEAAKEIMREMGINPETWEY F;G ttagacgTCTAGacgTCTA;TTAGACGTctagacGTCTA 17 536 183 33;1;149;0 4;2;2;0;3;0;0;0;7;9;17;0;0;0;0;1;2;14;15;107 1MJ2 1mj2_1_2 10986458 2.4 ESCHERICHIA COLI 1 2 0 1 0 0 1 Transcription factor Ribbon|Helix|Helix Methionine Repressor 1 2 1 0 1, 1 0 0 0 0 0 2 1 2 1 C;D AEWSGEYISPYAEhgKksEQvkkitVsIPLKVlKILTDErTRRkVNnlrhatnseLLCEAFLHAFTGQPLPDDADLRKeRSDEIPEAAKEIMREMGINPETWEY;AEWSGEYISPYAEhgKksEQvkkitVsIPLKVLKILTDErTRRKVNNLRHAtnsELLCEAFLHAFTGQPLPDDADLRKERSDEIPEAAKEIMREMGINPETWEY F;G TTAGACGTCtagacgTCTA;ttagacgtCTAGacgTCTA 17 535 193 33;1;159;0 4;2;2;0;4;0;0;0;3;9;17;0;0;0;0;0;2;14;23;113 1MJM 1mjm_1_1 10986458 2.2 ESCHERICHIA COLI 1 1 0 1 0 0 1 Transcription factor Ribbon|Helix|Helix Methionine Repressor 1 1 1 0 0, 0 0 0 0 0 0 2 1 2 1 A;B AEWSGEYISPYaeHGKKSeQvkkitVsIPLKVLKILTDErTRRKVNNLRHAtnseLLCEAFLHAFTGQPLPDDADLRKERSDEIPEAAKEIMREMGINPETWEY;AEWSGEYISPYaeHgKKsEQvKkitVsIPLKVLKILTDErTRRKVNNLRHAtnseLLCEAFLHAFTGQPLPDDADLRKERSDEIPEAAKEIMREMGINPETWEY C;D gagacGtCTC;gagacgTCTC 17 534 127 32;0;95;0 4;2;2;0;4;0;0;0;5;7;7;0;0;0;0;1;2;8;10;75 1MJO 1mjo_1_1 10986458 2.1 ESCHERICHIA COLI 1 2 0 1 0 0 1 Transcription factor Ribbon|Helix|Helix Methionine Repressor 1 1 1 0 1, 1 0 0 0 0 0 2 1 2 1 A;B AEWSGEYISPYAEhgKksEQvkkitVsIPLKVLKILTDErTRRkVNNlrhatnseLLCEAFLHAFTGQPLPDDADLRKERSDEIPEAAKEIMREMGINPETWEY;AEWSGEYISPYAEhgKksEQvkkitVsIPLKVLKILTDErTRRkVNNLRHAtnseLLCEAFLHAFTGQPLPDDADLRKERSDEIPEAAKEIMREMGINPETWEY F;G ttagacgtCATGacgTCTA;TTAGACGTcatgacgTCTA 17 107 195 33;1;161;0 3;2;1;0;4;0;0;0;5;8;18;0;0;0;0;1;2;16;21;114 1MJO 1mjo_1_2 10986458 2.1 ESCHERICHIA COLI 1 2 0 1 0 0 1 Transcription factor Ribbon|Helix|Helix Methionine Repressor 1 2 1 0 1, 1 0 0 0 0 0 2 1 2 1 C;D AEWSGEYISPYAEhgKksEQvkkitVsIPLKVLKILTDErTRRkVNnlrhatnseLLCEAFLHAFTGQPLPDDADLRKERSDEIPEAAKEIMREMGINPETWEY;AEWSGEYISPYAEhgKksEQvkkitVsIPLKVLKILTDErTRRKVNNLRHAtnseLLCEAFLHAFTGQPLPDDADLRKERSDEIPEAAKEIMREMGINPETWEY F;G TTAGACGTcatgacgTCTA;ttagacgTCATGacgTCTA 17 107 194 39;0;155;0 3;2;2;0;4;0;0;0;5;8;18;0;0;0;0;1;2;13;23;113 1MJQ 1mjq_1_1 10986458 2.4 ESCHERICHIA COLI 2 2 1 2 0 0 1 Transcription factor Ribbon|Helix|Helix Methionine Repressor 1 1 1 0 1, 1 0 0 0 0 0 2 1 2 1 A;B AEWSGEYISPYAEhgKksEQvkkitVsIPLKVlKILTDErTRRkVNnlrhatnseLLCEAFLHAFTGQPLPDDADLRKERSDEIPEAAKEIMREMGINPETWEY;AEWSGEYISPYAEhgKksEQvkkitVsIPLKVLKILTDErTRRKVNNLRHAtnseLLCEAFLHAFTGQPLPDDADLRKERSDEIPEAAKEIMREMGINPETWEY E;F ttagataTCTAGataTCTA;TTAGATATctagataTCTA 17 106 193 44;0;149;0 4;2;2;3;2;0;0;0;6;9;18;0;0;0;0;2;2;13;23;107 1MJQ 1mjq_1_2 10986458 2.4 ESCHERICHIA COLI 2 2 1 2 0 0 1 Transcription factor Ribbon|Helix|Helix Methionine Repressor 1 2 1 0 1, 1 0 0 0 0 0 2 1 2 1 C;D AEWSGEYISPYAEhgKksEQvkkitVsIPLKVlKILTDErTRRkVNnlrhatnseLLCEAFLHAFTGQPLPDDADLRKeRSDEIPEAAKEIMREMGINPETWEY;AEWSGEYISPYAEhgKksEQvkkitVsIPLKVLKILTDErTRRkVNNLRHAtnseLLCEAFLHAFTGQPLPDDADLRKERSDEIPEAAKEIMREMGINPETWEY E;F TTAGATATctagataTCTA;ttagatATCTAGataTCTA 17 106 198 46;1;151;0 4;3;2;3;2;0;0;0;4;8;18;0;0;0;0;2;2;16;26;108 1MJQ 1mjq_2_1 10986458 2.4 ESCHERICHIA COLI 2 2 1 2 0 0 1 Transcription factor Ribbon|Helix|Helix Methionine Repressor 2 1 1 0 1, 1 0 0 0 0 0 2 1 2 1 G;H AEWSGEYISPYAEhgKksEQvkkitVsIPLKVlKILtDErTRRkVNnlrhatnseLLCEAFLHAFTGQPLPDDADLRKERSDEIPEAAKEIMREMGINPETWEY;AEWSGEYISPYAEhgKksEQvkkitVsIPLKVLKILTDErTRRKVNNLRHAtnseLLCEAFLHAFTGQPLPDDADLRKERSDEIPEAAKEIMREMGINPETWEY K;L ttagatatCTAGataTCTA;TTAGATATctagataTCTA 17 105 186 46;0;140;0 4;2;2;3;2;0;1;0;7;9;18;0;0;0;0;2;2;14;25;95 1MJQ 1mjq_2_2 10986458 2.4 ESCHERICHIA COLI 2 2 1 2 0 0 1 Transcription factor Ribbon|Helix|Helix Methionine Repressor 2 2 1 0 1, 1 0 0 0 0 0 2 1 2 1 I;J AEWSGEYISPYAEhgKksEQvkkitVsIPLKVlKILTDErTRRkVNnlrhatnseLLCEAFLHAFTGQPLPDDADLRKeRSDEIPEAAKEIMREMGINPETWEY;AEWSGEYISPYAEhgKksEQvkkitVsIPLKVlKILTDErTRRkVNNLRHAtnseLLCEAFLHAFTGQPLPDDADLRKERSDEIPEAAKEIMREMGINPETWEY K;L TTAGATATctagataTCTA;ttagataTCTAGataTCTA 17 105 206 47;1;158;0 4;3;2;3;2;0;0;0;8;7;18;0;0;0;0;2;2;16;22;117 1MNM 1mnm_1_1 9490409 2.25 SACCHAROMYCES CEREVISIAE 1 3 0 1 0 0 1 Transcription factor Alpha|Beta Transcriptional Regulator, MCM1 1 1 1 0 1, 1 0 0 0 0 0 2 1 2 1 A;B QkerrkiEiKFIENktrRhvtFskrKHgIMkkAFeLSVlTGTQVLLLVVSETGLVYTFSTPKFEPIVTQQEGRNLIQACLNAPDD;rrkiEIKFIENkTrRhvtfskrkhgIMkkAFeLSVlTGTQVLLLVVSEtGlVyTFSTPKFEPIVTQQEGRNLIQACLNAPD E;F gattacctaatagggaaATTTACACG;CCGTGTAaatttCCCTattaggtAAT 182 533 304 51;11;241;1 4;0;7;0;0;0;0;0;9;9;6;0;0;0;0;1;3;22;51;192 1N3E 1n3e_1_1 12758074 2.5 CHLAMYDOMONAS REINHARDTII 2 1 1 2 0 0 1 Enzyme Endonuclease Endonuclease I-CreI 1 1 1 0 0, 0 0 2 0 0 0 2 1 2 1 A;B 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13;8;13;4;8;1;2;0;15;15;24;0;0;0;0;3;2;23;115;381 1N3F 1n3f_1_1 12758074 2 CHLAMYDOMONAS REINHARDTII 2 1 1 2 0 0 1 Enzyme Endonuclease Endonuclease I-CreI 1 1 1 0 0, 0 0 2 0 0 0 2 1 2 1 A;B TKYNKEFLLYLAGFVDgdgsIiaqikpnQsykFKHqlsLtFqVtqkTQrRWFLDKLVDEIGVgyVrdrGsvSDYiLseiKPLHNFLTQLQPFLKLkQKQANLVLKIIEQlPSAkESPDKFLEVCTWVDQIaALndsktrktTSETVRAV;TKYNKEFLLYLAGFVdgdgsIiaqikpnQsykFKHqlsLtFqVtqkTQrRWFLDKLVDEIGVgyVrdrGsvSDYiLseikpLHNFLTQLQPFLKLkQKQANLVLKIIEQlPSAkESPDKFLEVCTWVDQIaALndsktrktTSETVRAV C;D;E;F cgaaactgtctcga;gacagtttCG;cgaaactgtctcga;gacagttTCG 4 11 662 192;16;454;0 20;8;17;7;15;0;0;0;18;12;24;0;0;0;0;4;2;32;117;386 1N3F 1n3f_2_1 12758074 2 CHLAMYDOMONAS REINHARDTII 2 1 1 2 0 0 1 Enzyme Endonuclease Endonuclease I-CreI 2 1 1 0 0, 0 0 2 0 0 0 2 1 2 1 G;H TKYNKEFLLYLAGFVdgdgsIiaqikpnqsykFkHqlsLtFqVtqkTQrRWFLDKLVDEIGVgyVrdrGsvSDYiLseiKPLHNFLTQLQPFLKLkQKQANLVLKIIEQlPSAkESPDKFLEVCTWVDQIaALndsktrktTSETVRAV;TKYNKEFLLYLAGFVdgdgsIiaqikpnQsykFKHqlsLtFqVtqkTQrRWFLDKLVDEIGVgyVrdrGsvSDYiLseikpLHNFLTQLQPFLKLkQKQANLVLKIIEQlPSAkESPDKFLEVCTWVDQIaALndsktrktTSETVRAV I;J;K;L cgaaactgtctcga;gacagtttCG;cgaaactgtctcga;gacagtttCG 4 11 659 190;14;455;0 19;10;17;8;13;0;0;0;18;11;26;0;0;0;0;4;2;28;122;381 1OE4 1oe4_1_1 12820976 2 XENOPUS LAEVIS 1 1 0 1 0 0 1 Enzyme Glycosylase Uracil DNA Glycosylase 1 1 1 0 0, 0 0 0 0 1 1 2 1 2 1 A;B 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SPADSFLKVELELNLKLSNLVFQDPVQYVYNPLVYAWAPHENYVQTYCKSKKEVLFLGmNPGPFGMAQTGVPFGEVNHVRDWLQIEGPVSKPEVEHPKRRIRGFECPQSEVSGARFWSLFKSLCGQPETFFKHCFVHNHCPLIFMNHSGKNLtPtdLPkAQrDTLLEICDEALCQAVRVLGVKLVIGVgrfSEqRARKALMAEGIDVTVKGIMhPsPrnpqANKGWEGIVRGQLLELGVLSLLT;ESPADSFLKVELELNLKLSNLVFQDPVQYVYNPLVYAWAPHENYVQTYCKSKKEVLFLGMNPGPFGMAQTGVPFGEVNHVRDWLQIEGPVSKPEVEHPkrRIRGFECPQSEvSGArFWSLFKSLCGQPETFFKHCFVHNHCPLIFMnhsGkNLTPTDLPKAQRDTLLEICDEALCQAVRVLGVKLVIGVGRFSEQRARKALMAEGIDVTVKGIMHPSprNPQAnKGWEGIVRGQLLELGVLSLLT E;F cccGTGAgtccg;CGGACtacGGg 75 505 131 26;16;85;4 1;0;1;0;1;0;0;0;7;3;7;0;0;0;0;3;1;4;23;80 1PER 1per_1_1 8081737 2.5 BACTERIOPHAGE 434 1 1 0 1 0 0 1 Transcription factor Helix Turn Helix 434 Repressor 1 1 1 0 1, 1 0 0 0 0 0 2 1 2 1 L;R SISSRVkSKrIQLGLnqaELAQKVGttqqsIeqLEnGktkrprfLPELASALGVSVDWLLNGT;SISSRVkSKrIQLGLnqaELAQKVgttqqsIeqLEnGktkrprfLPELASALGVSVDWLLNGT A;B AAgtacaGTTTttcttgtAT;TatacaAGAaaaactgtACT 60 489 291 98;5;188;0 7;0;8;0;4;0;1;0;22;14;12;0;0;0;0;15;2;15;22;169 1R4O 1r4o_1_1 1865905 2.5 RATTUS NORVEGICUS 1 1 0 1 0 0 1 Transcription factor Zinc Coordinating Hormone Nuclear Receptor, Glucocorticoid Receptor 1 1 1 0 1, 1 0 0 0 0 0 2 1 2 1 A;B MKPARPCLVCSdEAsgchyGVLTCgsCkvfFkrAVEGqhnyLCAGRNDCIIDkIRrkNCpACrYRKCLQAGMNlEarktk;MKPARPCLVCSdEAsgchyGVLTCgsCkvfFkrAVeGQHNyLCAGRNDCIIDkIRrkNCpACrYRKCLQAGMNlEarkTK C;D ccagaaCATcgatgtTCTG;CcagaACATCGatgttCTG 56 469 280 40;4;236;0 4;0;2;0;0;0;0;0;8;5;10;0;0;0;0;0;2;20;48;181 1RIO 1rio_1_1 14731393 2.3 BACTERIOPHAGE LAMBDA, THERMUS AQUATICUS 1 2 0 1 0 0 1 Transcription factor Helix Turn Helix Repressor Protein CI 1 1 1 0 0, 0 0 0 0 0 0 2 1 2 1 A;B stkkkPLTQEqLEDARRLkAIyeKKkNELglsqeSVADKggqsgVgalfnGinaLnAYnAALLAKILKVSVEEFSPSIAREIYEYEAVHHHHHH;stkkkPlTQEQLEDARRLkAIyeKKkNELGLsqeSVADKggqsgVgalFnGinaLnAYnAALLAKILKVSVEEFSPSIAREIYEYEAVHHHHH T;U CCATGTcaagcactggcggtgATACCG;CGgtatcaccgccagtgcTTGACATGG 53 466 284 110;0;173;1 10;2;5;1;4;0;4;0;20;3;15;0;0;0;0;4;4;14;37;161 1RPE 1rpe_1_1 8355273 2.5 BACTERIOPHAGE 434 1 1 0 1 0 0 1 Transcription factor Helix Turn Helix 434 Repressor 1 1 1 0 1, 1 0 0 0 0 0 2 1 2 1 L;R SISSRVkSKrIQLGLnqaELAQKVGttqqsIeqLEnGktkrprfLPELASALGVSVDWLLNGT;SISSRVkSKrIQLGLnqaELAQKVgttqqsIeqLEnGktkrprfLPELASALGVSVDWLLNGT A;B ACaaacaagATacattgtAT;TatacaaTGTatcttgtTTG 60 463 290 90;5;195;0 10;0;10;0;5;0;0;0;18;12;12;0;0;0;0;11;1;11;30;170 1T3N 1t3n_1_1 15254543 2.3 HOMO SAPIENS 1 1 0 1 0 0 1 Enzyme Polymerase DNA Polymerase Iota 1 1 1 0 1, 0 0 0 0 0 1 2 1 2 1 A;B 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ESCHERICHIA COLI 2 2 0 1 0 0 1 Transcription factor Helix Turn Helix Trp Repressor 1 1 1 0 0, 0 0 0 0 0 0 2 1 2 1 A;B aqqsPySAAMAEQrHEEWLRFVDLLKNAYQNDLHLPLLNLMLtPdeREaLGtrVRIVEELLRgEmsqreLkNELgagiatItrGsnSLkAAPVELRQWLEEVLLK;aqqsPySAAMAEQrHEEWLRFVDLLKNAYQNDLHLPLLNLMLtpdeREaLGtrVRIVEELLRGEMSQRELKNELgagIatITrGSNSLKAAPVELRQWLEEVLLK C;I AGcgtactagtACGCT;AGcgtacTAGtacgct 31 21 283 51;8;224;0 3;1;3;0;0;3;1;1;17;14;6;0;0;0;0;3;1;17;39;174 1TRR 1trr_1_2 8232559 2.4 ESCHERICHIA COLI 2 2 0 1 0 0 1 Transcription factor Helix Turn Helix Trp Repressor 1 2 1 0 0, 0 0 0 0 0 0 2 1 2 1 G;H aqqsPySAAMAEQrHEEWLRFVDLLKNAYQNDLHLPLLNLMLtPdeREaLGtrVRIVEELLRGEmsqreLkNELgagiatItrGsnSLkAAPVELRQWLEEVLLK;aqqsPySAAMAEQrHEEWLRFVDLLKNAYQNDLHLPLLNLMLtpdeREaLGtrVRIVEELLRGEMSQRELKNELgagIatITrGSNSLKAAPVELRQWLEEVLLK C;I AGcgtacTAGtacgct;AGcgtactagtACGCT 31 21 282 49;8;225;0 3;1;2;0;0;3;1;1;17;15;6;0;0;0;0;3;0;17;37;176 1TRR 1trr_2_1 8232559 2.4 ESCHERICHIA COLI 2 2 0 1 0 0 1 Transcription factor Helix Turn Helix Trp Repressor 2 1 1 0 0, 0 0 0 0 0 0 2 1 2 1 D;E aqqsPySAAMAEQrHEEWLRFVDLLKNAYQNDLHLPLLNLMLtPdeREaLGtrVRIVEELLRgEmsqreLkNELgagiatItrGsnSLkAAPVELRQWLEEVLLK;aqqsPySAAMAEQrHEEWLRFVDLLKNAYQNDLHLPLLNLMLtpdeREaLGtrVRIVEELLRGEMSQRELKNELgagIatITrGSNSLKAAPVELRQWLEEVLLK F;L AGcgtactagtACGCT;AGcgtacTAGtacgct 31 21 284 52;8;224;0 3;1;3;0;0;3;1;1;17;14;6;0;0;0;0;3;1;17;41;173 1TRR 1trr_2_2 8232559 2.4 ESCHERICHIA COLI 2 2 0 1 0 0 1 Transcription factor Helix Turn Helix Trp Repressor 2 2 1 0 0, 0 0 0 0 0 0 2 1 2 1 J;K aqqsPySAAMAEQrHEEWLRFVDLLKNAYQNDLHLPLLNLMLtPdeREaLGtrVRIVEELLRGEmsqreLkNELgagiatItrGsnSLkAAPVELRQWLEEVLLK;aqqsPySAAMAEQrHEEWLRFVDLLKNAYQNDLHLPLLNLMLtpdeREaLGtrVRIVEELLRGEMSQRELKNELgagIatITrGSNSLKAAPVELRQWLEEVLLK F;L AGcgtacTAGtacgct;AGcgtactagtACGCT 31 21 289 50;10;229;0 3;1;2;0;0;3;1;1;17;14;7;0;0;0;0;3;0;17;41;179 1U0C 1u0c_1_1 15313605 2.5 CHLAMYDOMONAS REINHARDTII 1 1 0 1 0 0 1 Enzyme Endonuclease Endonuclease I-CreI 1 1 1 0 0, 0 0 0 0 0 0 2 1 2 1 A;B NTKYNKEFLLYLAGFVDgdgsiiaqikpnQsckFKhqlsltFqVtekTQrRWFLDKLVDEIGVgyVrdrGsvSDYiLseiKPLHNFLTQLQPFLKLkQKQANLVLKIIEQlpSAkESPDKFLEVCTWVDQIaALndsktrktTSETVRAVLD;NTKYNKEFLLYLAGFVDgdgsIiaqikpnQsckfKHqlsLtFqVtekTQrRWFLDKLVDEIGVGyVrdrGsvSDYiLseiKPLHNFLTQLQPFLKLkQKQANLVLKIIEQlPSAkESPDKFLEVCTWVDQiaALndsktrktTSETVRAVLD C;D gctaaacgtcgtgagacagttACG;cgtaactgtctcacgacgtttaGC 4 423 637 176;19;442;0 15;9;15;4;8;0;0;0;11;18;28;0;0;0;0;6;3;34;120;366 1XBR 1xbr_1_1 9349824 2.5 XENOPUS LAEVIS 1 1 0 1 0 0 1 Transcription factor Beta Sheet T Box, Protein T 1 1 1 0 0, 0 0 0 0 0 0 2 1 2 1 A;B ELKVSLEERDLWTRFKELTNEMiVtknGrrmfPVLKVSMSGLDPNAMYTVLLDFVAADNHrwkyVNGEWVPGGKPEPQAPSCVYIHPDSPNFGAHWMKDPVSFSKVkLTnkMNGGGQIMLNslHKYEPRIHIVRVGGTQRMITSHSFPETQFIAVtayqNeEItALkiKHnpfakafLdAKErN;ELKVSLEERDLWTRFKELTNEMiVtknGrrmfPVLKVSMSGLDPNAMYTVLLDFVAADNHrwkyVNGEWVPGGKPEPQAPSCVYIHPDSPNFGAHWMKDPVSFSKVkLTnkMNGGGQIMLNslHKYEPRIHIVRVGGTQRMITSHSFPETQFIAVtayqNEEItALkiKHnpfakafLdAKEr C;D AatttcACacctaggtgtgAAATT;AatttcACacctaggtgtgAAATT 162 391 417 47;27;343;0 2;0;2;0;0;0;2;0;14;8;8;0;0;0;0;3;5;26;94;253 1YRN 1yrn_1_1 7569974 2.5 SACCHAROMYCES CEREVISIAE 1 1 0 1 0 0 1 Transcription factor Helix Turn Helix Homeodomain, Mat Alpha 2 1 1 1 0 2, 2 0 0 0 0 0 2 2 2 1 A;B iSPQArAFLeQVFRRKQslnsKEkEEVAKKCGITPlqVrvwFinKrmrS;TKpyrghrfTkENvRILESWFAKNIENPylDTKGLENLMKNTSLSriqIknwVsnRrrkEkTiTIAPELADLLSGEPL C;D TacatgtaatttattacatCA;TAtgatgTAATAAattacaTG 121;123 376 346 78;28;240;0 8;1;11;1;5;1;0;1;23;3;7;0;0;0;0;4;1;18;56;206 1ZG1 1zg1_1_1 16262254 2.3 ESCHERICHIA COLI 2 1 1 2 0 0 1 Transcription factor Helix Turn Helix Response Regulator Protein NARL 1 1 1 0 0, 0 0 0 0 0 0 2 1 2 1 A;B RDVNQLtprERDILKLIAQGLpnkIARRLDitestVkvhvkhlkKKlksrVEAAVWVHQERIF;RDVNQLtprERDILKLIAQGLpnkIARRLditestVkvhvkhlkKKlksrvEAAVWVHQERIF C;D cgtactCCTTaatgggtACG;cgtaccCATTaaggagtACG 32 6 303 79;0;224;0 6;0;4;0;0;0;2;0;6;18;11;0;0;0;0;1;4;15;43;193 1ZG1 1zg1_2_1 16262254 2.3 ESCHERICHIA COLI 2 1 1 2 0 0 1 Transcription factor Helix Turn Helix Response Regulator Protein NARL 2 1 1 0 0, 0 0 0 0 0 0 2 1 2 1 E;F RDVNQLtprERDILKLIAQGLpnkIARRLditestVkvhvkhlkKKlksrvEAAVWVHQERIF;RDVNQLtprERDILKLIAQGLpnkIARRLDitestVkvhvkhlkKKlksrVEAAVWVHQERIF G;H cgtaccCATTaaggagtACG;cgtactCCTTaatgggtACG 32 6 306 84;0;222;0 7;0;5;0;0;0;2;0;6;16;11;0;0;0;0;1;4;15;44;195 1ZG5 1zg5_1_1 16262254 2.3 ESCHERICHIA COLI 2 1 1 2 0 0 1 Transcription factor Helix Turn Helix Response Regulator Protein NARL 1 1 1 0 0, 0 0 0 0 0 0 2 1 2 1 A;B RDVNQLtprERDILKLIAQGLpnkIARRLDitestVkvhvkhlkKKlksrVEAAVWVHQERIF;RDVNQLtprERDILKLIAQGLpnkIARRLditestVkvhvkhlkKKlksrVEAAVWVHQERIF C;D cgtaccCCTAtaggggtACG;cgtaccCCTAtaggggtACG 32 6 303 81;0;222;0 10;0;6;0;0;0;2;0;6;18;11;0;0;0;0;1;4;15;45;185 1ZG5 1zg5_2_1 16262254 2.3 ESCHERICHIA COLI 2 1 1 2 0 0 1 Transcription factor Helix Turn Helix Response Regulator Protein NARL 2 1 1 0 0, 0 0 0 0 0 0 2 1 2 1 E;F ERDVNQLtprERDILKLIAQGLpnkIARRLDitestVkvhvkhlkKKlksrvEAAVWVHQERIF;RDVNQLtprERDILKLIAQGLpnkIARRLDitestVkvhvkhlkKKlksrVEAAVWVHQERIF G;H cgtacCCCTAtaggggtACG;cgtacCCCTAtaggggtACG 32 6 304 79;0;225;0 10;0;6;0;0;0;2;0;7;17;11;0;0;0;0;0;4;15;49;183 1ZRF 1zrf_1_1 16427082 2.1 ESCHERICHIA COLI 1 1 0 1 0 0 1 Transcription factor Helix Turn Helix Catabolite Gene Activator Protein 1 1 1 0 2, 1 0 2 0 0 0 2 1 2 1 A;B TDPTLEWFLSHCHIHKYPskSTLIHQGEKAETLYYIVKGSVAVLIKDEeGkEMILSYLNQGDFIGELGLFEEGQERSAWVRAKTACEVAEISYKKFRQLIQVNPDILMRLSAQMARRLQVTSEKVGNLAFLdvtGRIAQTLLNLAKQPDAMTHPDGMQIkItrqeIGQIVgcsretVgriLkMLEDQNLISAhgktIVVYGTR;DPTLEWFLSHCHIHKYPskSTLIHQGEKAETLYYIVKGSVAVLIKDEeGkEMILSYLNQGDFIGELGLFEEGQERSAWVRAKTACEVAEISYKKFRQLIQVNPDILMRLSAQMARRLQVTSEKVGNLAFLdvtGRIAQTLLNLAKQPDAMTHPDGMQIkItrqEIGQIVgcsretVgriLkMLEDQNLISAhgktIVVYG W;X;Y;Z TTCGAAAaatgcgaT;CTagatcgCATTtttcGAAAT;TTTCGAAAaatgcgAT;CTagatcgCATTtttcGAAAT 62 371 269 61;0;208;0 6;2;6;0;4;0;0;0;3;13;18;0;0;0;0;6;0;24;28;159 1ZS4 1zs4_1_1 16039594 1.7 BACTERIOPHAGE LAMBDA 1 2 0 1 0 0 1 Transcription factor Helix Turn Helix Repressor Protein CII 1 1 1 0 1, 1 0 0 0 1 0 2 1 2 1 A;B GSHMANKRNEALRIESALLNKIAMLgtekTAEAVgvdksqIsrwkrdwIPKFSMLLAVLEWGVVDDDMARLARQVAAILTNK;GSHMANKRNEALRIESALLNKIAMLGTEKTAEAVGVDKSqISrWKrdwIPkFSMLLAVLEWGVVDDDMARLARQVAAILTNK T;U TATTCGTGCAAACAAacgcaaCGAGGT;TACCTcgttgcGTTTgttTGCACGAAT 96 370 124 51;0;73;0 3;1;3;1;3;0;0;0;6;3;4;0;0;0;0;4;2;12;18;64 1ZS4 1zs4_1_2 16039594 1.7 BACTERIOPHAGE LAMBDA 1 2 0 1 0 0 1 Transcription factor Helix Turn Helix Repressor Protein CII 1 2 1 0 1, 1 0 0 0 1 0 2 1 2 1 C;D ANKRNEALRIESALLNKIaMLgtekTAEAVgvdksqIsrwkrdwIPKFSMLLAVLEWGVVDDDMARLARQVAAILTNKK;RNEALRIESALLNKIAMLGTEKTAEAVGVDKSqISrWKrdwIPkFSMLLAVLEWGVVDDDMARLARQVAAILT T;U TATtcgtgcaaACAAACGCAACGAGGT;TACCTCGTTGCGTTTgtttgcACGAat 96 369 147 58;2;87;0 4;1;4;0;2;0;0;0;8;4;5;0;0;0;0;6;2;12;26;73 2BNW 2bnw_1_1 16528102 2.45 STREPTOCOCCUS PYOGENES 2 1 0 1 0 0 1 Transcription factor Ribbon|Helix|Helix Omega Repressor 1 1 1 0 1, 0 0 0 0 0 0 2 1 2 1 A;B DIMGdktvrVRADLhHIIkIETAKNGGnvkeVMDQALEEYIRKYLPDKL;MAKKdImGdktvrVRADLhHIIkIETAKNGgnvkeVMDQALEEYIRKYLPDKL E;F GaatcaCAAatcACAAGC;CTTGTGATttgtgaTTCG 107 346 159 57;0;102;0 3;1;3;2;2;0;0;0;1;0;7;0;0;0;0;3;2;10;24;101 2BNW 2bnw_1_2 16528102 2.45 STREPTOCOCCUS PYOGENES 2 1 0 1 0 0 1 Transcription factor Ribbon|Helix|Helix Omega Repressor 1 2 1 0 1, 0 0 0 0 0 0 2 1 2 1 C;D MAKKDIMGdktvrVRADLhHIIkIETAKNGgnvkEVMDQALEEYIRKYLPDKL;MGdktvrVRADLhHIIkIETAKNGGnvkEVMDQALEEYIRKYLPDKL E;F GAATCACAaatcaCAAGC;CTtgtgaTTTgtGATTCG 107 345 154 61;0;93;0 3;1;3;2;2;0;0;0;4;0;8;0;0;0;0;3;2;10;28;88 2BOP 2bop_1_1 1328886 1.7 BOVINE PAPILLOMAVIRUS TYPE 1 1 1 1 1 0 0 1 Transcription factor Alpha|Beta Regulatory Protein E2 1 1 1 2 1, 1 0 0 0 0 0 2 1 2 1 A;D SCFALISGtanqVkcyrfrVkknhRHRYENCTttWfTvAdNgaErQGQAQILITFGSPSQRQDFLKHVplppGmNISGFTASLDF;SCFALISGtanqVkcyrfrVkknhRHRYENCTttWfTvAdNgaErQGQAQILITFGSPSQRQDFLKHVplppGmNISGFTASLDF B;E ccgacCGACgtcggtcG;ccgacCGACgtcggtcG 183 344 328 78;0;250;0 8;0;4;0;4;0;0;0;12;6;8;0;4;2;0;2;0;18;60;200 2C7A 2c7a_1_1 16931575 2.5 HOMO SAPIENS 1 1 0 1 0 0 1 Transcription factor Zinc Coordinating Hormone Nuclear Recpetor, Progesterone Receptor 1 1 1 0 1, 1 0 0 0 0 0 2 1 2 1 A;B PQKICLICGdEAsgchyGVLTCgsCkvfFkrAMEGQhNyLCAGRNDCIVDkIRrkNCpACrLRKCCQAGMVlggrkFK;PQKICLICGdEAsgchyGVLTCgsCkvfFkrAMEGQHNyLCAGRNDCIVDKiRrkNCpACrLRKCCQAGMVLggrKF C;D ccagaaCAGTttgttCTg;ccagaaCAAActgttCTg 56 338 268 56;8;204;0 5;0;12;0;0;0;0;0;10;0;12;0;0;0;0;2;2;22;37;166 2E1C 2e1c_1_1 18073105 2.1 PYROCOCCUS HORIKOSHII 1 1 1 1 0 0 1 Transcription factor Helix Turn Helix Transcriptional Regulator PH1519 1 1 1 0 0, 0 0 0 0 0 0 2 1 2 1 A PLDEIDKKIIKILQNDGkaplrEISKITglaestIherIrkLRESGVIKKFTAIIDPEALGYSMLAFILVKVKAGKYSEVASNLAKYPEIVEVYETTGDYDMVVKIRTKNSEELNNFLDLIGSIPGVEGTHTMIVLKTHKETTELPI B;D agtgaaAATTttTCACA;TGTGAAAAAttttcACT 226 322 97 43;0;54;0 0;1;0;1;2;0;0;1;0;1;2;0;0;0;0;6;2;4;24;53 2EFW 2efw_1_1 17521668 2.5 BACILLUS SUBTILIS 2 1 1 2 0 0 1 Structural|DNA Binding protein Replication Replication Termination Protein 1 1 1 0 1, 0 0 0 0 0 0 2 1 2 1 A;B stGFLVkqrAFLKLYMITMTEQERLyglKLLEVLRSEFKEIGFKPnhteVyrSLheLLDDGILKqIkVKkEgAklqevvLyQFKDYEAAKLYKKQLKVELDRSKKLIEKALSDNF;stGfLVkqrAFLKLYMITMTEQERLYGlkLlEVLRSEFKEIGFKPnhtevyrSlhELLDDGILKqIKVKKEGAKLQEVVLyQFKDYEAAKLYKKQLKVELDRSKKLIEKALSDNF D;E atgtaCCAAatgttcAGtc;gactgaaCATTtggtacAT 51 319 319 91;12;215;1 6;1;6;2;1;0;0;0;15;3;10;0;0;0;0;3;0;16;66;190 2EFW 2efw_2_1 17521668 2.5 BACILLUS SUBTILIS 2 1 1 2 0 0 1 Structural|DNA Binding protein Replication Replication Termination Protein 2 1 1 0 1, 0 0 0 0 0 0 2 1 2 1 F;G stGFLVkqrAFLKLYMITMTEQERLyglKLLEVLRSEFKEIGFKpnhteVyrSLheLLDDGILKqIkVKkEGAklqevvLyQFKDYEAAKLYKKQLKVELDRSKKLIEKALSDNF;stGFLVkqrAFLKLYMITMTEQERLYGlklleVLRSEFKEIGFKPnhteVyrSLHELLDDGILKQIKVKEVVLYQFKDYEAAKLYKKQLKVELDRSKKLIEKALSDNF I;J atgtaCCAAatgttCAGtc;GactgaacATttggtaCAT 51 318 284 78;6;198;2 3;2;8;1;1;0;0;0;20;4;13;0;0;0;0;1;0;15;42;174 2EX5 2ex5_1_1 16698548 2.2 CHLAMYDOMONAS EUGAMETOS 1 1 0 1 0 0 1 Enzyme Endonuclease Endonuclease I-CeuI 1 1 1 0 0, 0 0 0 0 0 0 2 1 2 1 A;B ILKpgEKLPQDKLEELkKIndAVkKTkNFSKYLIDLRKLFQIDEVQVTSESKLFLAGFLEgeasLnistkklAtskFGLvVdPeFnVtrhVNGVKVLYLALEVFKtGrIrhksgsnAtLvLtIdnrqSLEEKVIPFYEQYVVAFSSPEkVKrVANFKALLELfNNdAhqDLEQLVNKILPIwDQmrkqQGqsnegFPNLEAAQDFAR;ILKpgEKLPQDKLEELkKIndAVkKTkNFSKYLIDLRKLFQIDEVQVTSESKLFLAGFLEgeasLnistkklAtskFGLvvdPeFnVtrhVNGVKVLYLALEVFKTGrIrhksGsnatLvLtIdnrqSLEEKVIPFYEQYVVAFSSPEkVKrVANFKALLELfNNDAhqDLEQLVNKILPIwDQmrkqQgqsnegfPNLEAAQDFAR X;Y CgataacggtcctaaggtagcgaagC;GcttcgctaccttaggaccgttatcG 155 317 682 163;18;501;0 8;5;8;0;15;0;3;0;26;15;32;0;0;0;0;12;6;50;100;402 2EZV 2ezv_1_1 16308566 2.4 1 1 1 1 0 0 1 Enzyme Endonuclease Endonuclease SfiI 1 1 1 0 0, 0 0 0 0 0 0 2 1 2 1 A;B MHQDYRELSLDELESVEKQTLRTIVQALQQYSKEAKSIFETTAADssGEviVLAeDITQYALEVAETYPINRRFAGfIdYKRVRWLPSPHGLLPQVLLVdakasteKnrDtLqRsqLPMDAEfrntssGEVVTMEAGVIPHLMLQSANDGVLPAVTTSIFVHFYyReLKEGRYRELKSIYVLSLPHARLKQRYNPDPDTSFFgagkhsparGevArIrVyFDrLKEACPWRLQELHYSADSEYTQPRWRDLNDAGHEVTKEFLFLER;MHQDYRELSLDELESVEKQTLRTIVQALQQYSKEAKSIFETTAAdssgEvivLaeDITQYALEVAETYPINRRFAGfIdYKRVRWLPSPHGLLPQVLLVdakasteKnRDtLqRsqLPMDAEfrntsSGEVVTMEAGVIPHLMLQSANDGVLPAVTTSIFVHFYyReLKDVEGRYRELKSIYVLSLPHARLKQRYNPDPDTSFFGagkhsparGevArIrVyFdrLKEACPWRLQELHYSADSEYTQPRWRDLNDAGHEVTKEFLFLER F;G tggccaacaaggccT;aggccttgttggcCA 144 316 452 140;3;307;2 18;0;11;0;10;0;4;0;11;24;18;0;0;0;0;8;3;18;48;279 2HAP 2hap_1_1 9886287 2.5 SACCHAROMYCES CEREVISIAE 1 1 0 1 0 0 1 Transcription factor Zinc Coordinating Heme Activator Protein 1 1 1 0 0, 0 0 0 0 0 0 2 1 2 1 C;D rkrnrIplrCTICrKrkvkcDkLRPHCQQCTktGVAHLCHYMEQTwAEEAEKELLKDNELKKLRERVKSLEKTLSK;krnriplrCTICrkrkvkcDkLRPHCQQCTKTGVAHLCHYMEqtwAEEAEKELLKDNELKKLRERVKSLEKTLSK A;B acgcTATtatcgcTATtagt;ACTaatagcgataatagcgT 57 291 318 67;18;233;0 8;0;11;0;0;0;6;0;11;0;19;0;0;0;0;0;5;15;48;195 2HOF 2hof_1_1 17573343 2.4 BACTERIOPHAGE P1 1 1 1 1 0 0 1 Enzyme Recombinase Cre Recombinase 1 1 1 0 0, 0 0 0 0 0 0 2 1 2 1 A;B SDEVRKNLMDMFRDRQafsehtWkmLLsVCrsWAAWCKLNNRKWFPAEPEDVRDYLLYLQArglaVktIQqhLgqLNmLHrrSGLPrPSDSNAVSLVMRRIRKENVDAGerakqaLAFERTDFDQVRSLMENSDrCqDIrNLAFLGIAYNTLLriaeIArIRVKDISRTDGGRMLIHIKALSLGVTKLVERWISVSGVADDPNNYLFCrvrknGVAAPSATsqlstraLeGIFeATHRLIYGAkDDSgqryLawsghSArVGAARDMARAGVSIPEIMQAGgwtnVNiVMnyIRNLDSETGAMVRLLED;SDEVRKNLMDMFRDRQafsEhtWkmLLsVCrsWAAWCKLNNRKWFPAEPEDVRDYLLYLQArglaVktIqqhlgqLnmLHrrSGLPrPsDSNAVsLVmrRIrkENvDAGerakqaLAFERTDFDQVRSLMENSDrCqDIrNLAFLGIAYNTLLriaEIArIRVKDISRTDGGRMLIHIGrtatLVSTAGVEKALSLGVTKLVERWISVSGVADDPNNYLFCrvrknGvAAPSATsqlstraLeGIFeATHRLIYGAkDDSgqryLawsghSArVGAARDMARAGVSIPEIMQAGgwtnVniVMNyIRNAMVRLLED C;D ataacttcgtatagcatACattatacgaACttat;ataagttcgtataatgtatgctatacgaAGttat 15 284 1006 215;47;744;0 20;2;21;0;2;2;4;0;53;36;36;0;0;0;2;19;6;69;157;577 2I3P 2i3p_1_1 16971456 2.3 CHLAMYDOMONAS REINHARDTII 1 1 0 1 0 0 1 Enzyme Endonuclease Endonuclease I-CreI 1 1 1 0 0, 0 0 0 0 0 0 2 1 2 1 A;B NTKYNKEFLLYLAGFVDgdgsiiaqirpnQsykFKHqlsLTFqVtqkTQrRWFLDKLVDEIGVgyVrdrGsvSDYiLseikpLHNFLTQLQPFLKLkQKQANLVLKIIEQlPSAkESPDKFLEVCTWVDQIaALndsktrktTSETVRAVLD;NTKYNKEFLLYLAGFVDgdgsiiaqirpnQsykfKHqlsLTFqVtqkTQrRWFLDKLVDEIGVgyVrdrGsvSDYiLseikpLHNFLTQLQPFLKLkQKQANLVLKIIEQlPSAkESPDKFLEVCTWVDQIaALndsktrktTSETVRAVLD C;D gcaaatcgtcgtgagacaattTCG;cgaaattgtctcacgacgattTGC 4 61 640 183;16;440;1 19;10;14;3;8;0;0;0;15;11;26;0;0;0;0;5;4;28;113;384 2I3Q 2i3q_1_1 16971456 2.3 CHLAMYDOMONAS REINHARDTII 1 1 0 1 0 0 1 Enzyme Endonuclease Endonuclease I-CreI 1 1 1 0 0, 0 0 0 0 0 0 2 1 2 1 A;B NTKYNKEFLLYLAGFVDgdgsiiaqiapnQsykFKHqlsLtFvVtqkTQrRWFLDKLVDEIGVgyVrdrGsvSdYILseiKPLHNFLTQLQPFLKLkQKQANLVLKIIEQlPSAkESPDKFLEVCTWVDQIaALndsktrktTSETVRAVLD;NTKYNKEFLLYLAGFVDgdgsiiaqiapnQsykfKHqlsLTFvVtqkTQrRWFLDKLVDEIGVgyVrdrGsvSdYiLseiKPLHNFLTQLQPFLKLkQKQANLVLKIIEQlPSAkESPDKFLEVCTWVDQIaALndsktrktTSETVRAVLD C;D gcaaaacgacgtgagtcagttTCG;cgaaactgactcacgtcgtttTGC 4 61 619 171;19;427;2 14;8;12;8;10;0;0;0;13;11;23;0;0;0;0;8;3;29;112;368 2ISZ 2isz_1_1 17209554 2.4 MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS 1 2 0 1 0 0 1 Transcription factor Helix Turn Helix Repressor IdeR 1 1 1 0 1, 1 0 0 0 0 0 2 1 2 1 A;B mnElVdttEMyLRTIYDLEEEGVTPlrarIAeRLdqsgptVsqtVsrMErDGLLRVAGDrHLELTEKGRALAIAVMRKHRLAERLLVDVIGLPWEEVHAEACRWEHVMSEDVERRLVKVLNNPTTSPFGNPIPGLVELGV;mnElVdttEMyLRTIYDLEEEGVTPlrarIAeRLdqsgptVsqtVsrMErdGLLRVAgdrHLELTEKGRALAIAVMRKHRLAERLLVDVIGLPWEEVHAEACRWEHVMSEDVERRLVKVLNNPTTSPFGNPIPGLVELGV E;F CCCTGTTagcacaGGCTgccctaATTTtaGTGG;CACTAaaattagGGCagcctgTGCtAACAGGGC 83 266 296 65;6;225;0 3;0;4;0;4;1;1;0;22;22;14;0;0;0;0;11;0;22;38;154 2ISZ 2isz_1_2 17209554 2.4 MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS 1 2 0 1 0 0 1 Transcription factor Helix Turn Helix Repressor IdeR 1 2 1 0 1, 1 0 0 0 0 0 2 1 2 1 C;D mnElVDttEMyLRTIYDLEEEGVTPlrarIAERLdqsgptVsqtVSrMErDGLLRVAGDrHLELTEKGRALAIAVMRKHRLAERLLVDVIGLPWEEVHAEACRWEHVMSEDVERRLVKVLNNPTTSPFGNPIPGLVELGV;mnElVdttEMyLRTIYDLEEEGVTPlrarIAeRLdqsgptVsqtVSrMErDGLLRVAGDrHLELTEKGRALAIAVMRKHRLAERLLVDVIGLPWEEVHAEACRWEHVMSEDVERRLVKVLNNPTTSPFGNPIPGLVELGV E;F CCctgttagCAcaggctgCCCtAATTTTAGTGG;CACTAAAATTAgggcagCCTgtgctaACAGGGC 83 265 270 61;3;206;0 1;0;2;0;0;0;0;0;18;18;13;0;0;0;0;8;0;22;36;152 2NLL 2nll_1_1 7746322 1.9 HOMO SAPIENS 1 1 0 1 0 0 1 Transcription factor Zinc Coordinating Hormone Nuclear Receptor, Retinoic Acid Receptor 1 1 1 0 0, 0 0 0 0 0 1 2 2 2 1 A;B CAICGdRSsgkhyGVYSCegCkgfFkrTVrkDLTyTCRDNKDCLIDkRQrnrCqYCrYQKCLAMGM;DELCVVCGdkAtGyhyrCITcegCkgfFrrTIqkNlHPSySCKYEGKCVIDKVTrnQCqECrFKKCIYVGMATDlvlDDSKrLAkrKliEEnrEkRRREELEK C;D caggtCATTcaggtCAG;ctgacctgaaatgacCTG 238;252 257 291 69;3;219;0 11;0;9;0;3;0;2;0;26;0;9;0;0;0;0;2;1;28;36;164 2O6M 2o6m_1_1 17516660 2.3 PHYSARUM POLYCEPHALUM 1 1 0 1 0 0 1 Enzyme Endonuclease Endonuclease I-PpoI 1 1 1 0 1, 1 0 0 0 0 0 2 1 2 1 A;B ALTNAQILAVIDSWEETVGQFPVITHHVPLGGGLQGTLHCYEIPLAapygvgfaknGPtrWqYkrtINqVvHrwgShtVPFLLEPDNINGktCtaSqLChNtRCHNPLHLCwESldDnkGRnWCPGPNGGCVHAVVCLRQGPlYGPGATVAGPQQRGSHFVV;ALTNAQILAVIDSWEETVGQFPVITHHVPLGGGLQGTLHCYEIPLAapygvgfaknGPTrWqYkrtINqVvHrwgShtVPFLLEPDNINGktCtaSqLChNtRCHNPLHLCwESldDnkGRnWCPGPNGGCVHAVVCLRQGPlYGPGATVAGPQQRGSHFVV C;D ttgactctCttaagagagTCA;ttgactctCttaagagagTCA 29 7 379 113;22;244;0 17;1;8;0;4;0;4;0;14;7;21;0;0;0;0;2;8;19;52;222 2OR1 2or1_1_1 3187531 2.5 BACTERIOPHAGE 434 1 1 0 1 0 0 1 Transcription factor Helix Turn Helix 434 Repressor 1 1 1 0 1, 1 0 0 0 0 0 2 1 2 1 L;R SISSRVkSKrIQLGLnqAELAQKVgttqqsIeqLEnGktkrprfLPELASALGVSVDWLLNGT;SISSRVkSKrIQLGLnqaELAQKVGttqqsIeqLEnGktkrprfLPELASALGVSVDWLLNGT A;B AAgtacaAACTttcttgtAT;TatacaaGAAagtttgtACT 60 245 279 95;4;180;0 5;0;8;0;3;0;0;0;17;10;13;0;0;0;0;15;1;10;31;166 2R1J 2r1j_1_1 18237194 1.53 BACTERIOPHAGE P22 1 1 0 1 0 0 1 Transcription factor Helix Turn Helix Repressor P22 c2 1 1 1 0 0, 0 0 0 0 0 0 2 1 2 1 L;R TQLMGERIrARrkKLKIrqaALGKMVgvsnvaIsqwErSetepnGEnLLALSKALQCSPDYLLKGD;TQLMGERIrARrkKLKIrqaALGKMVgvsnvaIsqwErSetepnGEnLLALSKALQCSPDYLLKGD A;B TatttaaGATatcttaAATG;CatttaAGATatcttaAATA 197 223 283 102;0;181;0 0;0;4;0;3;0;0;0;14;7;11;0;0;0;0;19;2;15;54;154 2VBJ 2vbj_1_1 0 1.95 CHLAMYDOMONAS REINHARDTII 1 1 0 1 0 0 1 Enzyme Endonuclease Endonuclease I-CreI 1 1 1 0 0, 0 0 0 0 0 0 2 1 2 1 A;B NTKYNKEFLLYLAGFVDgdgsiiaqiepnQsykFKHrlkLTFkVtqkTQrRWFLDKLVDEIGVGyVrDeGsvSnYiLseiKPLRNFLTQLQPFLKLkQKQANLVLKITEQlPSAkESPDKFLEVCTWVDQIaALndsktrktTSETVRAVLD;NTKYNKEFLLYLAGFVDadgsiiaqiepnQsskFKHrlkLTFqVtqkTQrRWFLDKLVDEIGVgyVrDsGsvSnYiLseiKPLHNFLTQLQPFLKLkQKQANLVLKIIEQlPSAkESPDKFLEVCTWVDQIaALndsktrktTSETVRAVLD C;E tctgccttttttgaaggatcctAA;ttaggatccttcaaaaaaggcaGA 4 14 648 167;12;467;2 14;2;12;3;12;0;0;0;17;11;28;0;0;0;0;10;1;34;119;385 2VBL 2vbl_1_1 0 1.8 CHLAMYDOMONAS REINHARDTII 1 1 0 1 0 0 1 Enzyme Endonuclease Endonuclease I-CreI 1 1 1 0 0, 0 0 2 0 0 0 2 1 2 1 A;B NTKYNKEFLLYLAGFVDgdgsiiaqiepnAsykFKHrlkLTFkVtqkTQrRWFLDKLVDEIGVgyVrDeGsvSnYiLseiKPLRNFLTQLQPFLKLkQKQANLVLKITEQlPSAKESPDKFLEVCTWVDQIaALndsktrktTSETVRAVLD;NTKYNKEFLLYLAGFVDadgsiiaqiapnQsskFKHrlkltFqVtqkTQrRWFLDKLVDEIGVgyVrgsGsvSnYiLseiKPLHNFLTQLQPFLKLkQKQANLVLKIIEQlPSAkESPDKFLEVCTWVDQIaALndsktrktTSETVRAVLD C;E;S;T tctgccttttttga;ttaggatccttcaa;aaaaggcaGA;aggatcctAA 4 14 653 161;12;478;2 14;4;13;3;12;0;0;0;16;10;28;0;0;0;0;11;1;32;118;391 2VBN 2vbn_1_1 0 1.9 CHLAMYDOMONAS REINHARDTII 1 1 0 1 0 0 1 Enzyme Endonuclease Endonuclease I-CreI 1 1 1 0 0, 0 0 2 0 0 0 2 1 2 1 A;B MNTKYNKEFLLYLAGFVDgdgsiiaqikpnQsskFkHrlsLTFqVtqkTQrRWFLDKLVDEIGVgyVrdsgsvSnYiLseiKPLHNFLTQLQPFLKLkQKQANLVLKIIEQlPSAkESPDKFLEVCTWVDQIaALndsktrktTSETVRAVLD;NTKYNKEFLLYLAGFVDgdgsiiaqiepnQsykFKHrlkLTFkVtqkTQrRWFLDKLVDEIGVgyVsdsGsvSnYiLseiKPLHNFLTQLQPFLKLkQKQANLVLKIIEQlPSAkESPDKFLEVCTWVDQIaALndsktrktTSETVRAVLD C;E;S;T ttaggatccttcaa;tctgccttttttga;aaaaggcAGA;aggatcctAA 4 14 636 167;15;452;2 18;6;13;4;11;0;0;0;16;12;26;0;0;0;0;12;1;29;115;373 2VBO 2vbo_1_1 0 1.8 CHLAMYDOMONAS REINHARDTII 1 1 0 1 0 0 1 Enzyme Endonuclease Endonuclease I-CreI 1 1 1 0 0, 0 0 0 0 0 0 2 1 2 1 A;B MNTKYNKEFLLYLAGFVDgdgsiiaqikpnQsskFkHrlsLtFqVtqkTQrRWFLDKLVDEIGVgyVrdsgsvSnYilseiKPLHNFLTQLQPFLKLkQKQANLVLKIIEQlPSAkESPDKFLEVCTWVDQIaALndsktrktTSETVRAVLD;NTKYNKEFLLYLAGFVDgdgsiiaqiepnQsykFKHrlkLTFkVtqkTQrRWFLDKLVDEIGVGyVsdsGsvSnYiLseikPLHNFLTQLQPFLKLkQKQANLVLKIIEQlPSAkESPDKFLEVCTWVDQIaALndsktrktTSETVRAVLD C;E ttaggatccttcaaaaaaggcAGA;tctgccttttttgaaggatcctAA 4 14 667 172;14;479;2 16;5;11;1;16;0;0;0;18;13;24;0;0;0;0;9;0;29;133;392 2VY1 2vy1_1_1 18784751 2.1 ARABIDOPSIS THALIANA 1 1 1 1 0 0 1 Transcription factor Helix Turn Helix Protein Leafy 1 1 1 2 1, 1 0 0 0 0 0 2 1 2 1 A;B rehpfIVTEPGEVARGKKNGLDYLFHLYEQCREFLLQVQTIAKDRGEkCPTKvtnqVFrYAkKSGAsyInkpkMrhyVHCYALHCLDEEASNALRRAFKERGEnvgSWRQACYKPLVNIACRHGWDIDAVFNAHPRLSIWyvPtKLRQLCHLERNNAVAAAAAL;rehpfIVTEPGEVARGKKNGLDYLFHLYEQCREFLLQVQTIAKDRGEkCPTKvtnqVFrYAkKSGAsyInkpkMrhyVHCYALHCLDEEASNALRRAFKERGEnvgSWRQACYKPLVNIACRHGWDIDAVFNAHPRLSIWyvPtKLRQLCHLERNNAVAAAAAL W;X AgaaggaCCAGtggtcCgta;AgaaggaCCAGtggtcCgta 81 208 338 82;18;238;0 12;0;8;0;0;2;0;2;26;10;16;0;0;0;0;0;2;16;38;206 2VY2 2vy2_1_1 18784751 2.3 ARABIDOPSIS THALIANA 1 1 1 1 0 0 1 Transcription factor Helix Turn Helix Protein Leafy 1 1 1 2 1, 1 0 0 0 0 0 2 1 2 1 A;B rehpfIVTEPGEVARGKkNGLDYLFHLYEQCREFLLQVQTIAKDRGEkCPTKVtnqVFrYAkKSGAsYInkpkMrhyVHCYALHCLDEEASNALRRAFKERGEnvgSWRQACYKPLVNIACRHGWDIDAVFNAHPRLSIWyvPtKLrQLCHLERNNAVAAAAA;rehpfIVTEPGEVARGKkNGLDYLFHLYEQCREFLLQVQTIAKDRGEkCPTKVtnqVFrYAkKSGAsYInkpkMrhyVHCYALHCLDEEASNALRRAFKERGEnvgSWRQACYKPLVNIACRHGWDIDAVFNAHPRLSIWyvPtKLrQLCHLERNNAVAAAAA W;X AtttaatCCAAtggtTACaa;AtttaatCCAAtggtTACaa 81 207 290 52;12;226;0 8;0;8;0;0;0;0;0;20;10;14;0;0;0;0;0;0;16;40;174 2YVH 2yvh_1_1 0 2.5 CORYNEBACTERIUM GLUTAMICUM ATCC 13032 1 2 0 1 0 0 1 Transcription factor Alpha Helix Repressor CgmR 1 1 1 0 0, 0 0 2 0 0 0 2 1 2 1 A;B SkkEILRTAIDYIGEYSLetlsydSLAEATglsksgLiyhFpsrHALLLGHELLADDWDKELRDITRDPEDPLERLRAVVVTLAENVSRPELLLLIDAPSHPDFLNAWRTVNHQWIPDTDDLENDAHKRAVYLVQLAADGLFVHDYIHDDVLSKSKRQALETILELIP;tskKEILRTAIDYIGEYSLetlsydSLAEATglsksgLiyhFpsrHALLLGHELLADDWDKELRDITRDPEDPLERLRAVVVTLAENVSRPELLLLIDAPSHPDFLNAWRTVNHQWIPDTDDLENDAHKRAVYLVQLAADGLFVHDYIHDDVLSKSKRQALETILELIP E;F;G;H TAACTGtaccgaCC;ggtCGGTACAGTTA;TaactgtACCGACc;GGTcggtacAGTTa 80 206 242 75;0;167;0 4;2;5;4;3;0;0;0;0;12;7;0;0;0;0;3;1;5;62;134 2YVH 2yvh_1_2 0 2.5 CORYNEBACTERIUM GLUTAMICUM ATCC 13032 1 2 0 1 0 0 1 Transcription factor Alpha Helix Repressor CgmR 1 2 1 0 0, 0 0 2 0 0 0 2 1 2 1 C;D SkkEILRTAIDYIGEYSLetlsydSLAEATglsksgLiyhFpsrHALLLGHELLADDWDKELRDITRDPEDPLERLRAVVVTLAENVSRPELLLLIDAPSHPDFLNAWRTVNHQWIPDTDDLENDAHKRAVYLVQLAADGLFVHDYIHDDVLSKSKRQALETILELIP;tskKEILRTAIDYIGEYSLetlsydSLAEATglsksgLiyhFpsrHALLLGHELLADDWDKELRDITRDPEDPLERLRAVVVTLAENVSRPELLLLIDAPSHPDFLNAWRTVNHQWIPDTDDLENDAHKRAVYLVQLAADGLFVHDYIHDDVLSKSKRQALETILELIP E;F;G;H TaactgtACCGAcc;GGTcggtacAGTTa;TAACTGtaccgaCC;ggtCGGTACAGTTA 80 205 241 71;0;170;0 4;3;5;5;2;0;0;0;1;10;8;0;0;0;0;1;1;3;65;133 3CRO 3cro_1_1 2038059 2.5 BACTERIOPHAGE 434 1 1 0 1 0 0 1 Transcription factor Helix Turn Helix Cro Repressor 1 1 1 0 1, 1 0 0 0 0 0 2 1 2 1 L;R MQTLSERLkKRrIALKMtqteLATKAgvkqqsIqliEaGvtkrprfLFEIAMALNCDPVWLQYGTK;MQTLSERLkKRrIALKMtqteLATKAGvkqqsIqliEAGvtkrprfLFEIAMALNCDPVWLQYG A;B AAgtacaAACtttcttgtAT;TatacaAGAaagtttgtACT 198 175 289 87;12;190;0 9;0;9;0;3;0;0;0;16;15;14;0;0;0;0;11;1;10;41;160 3E54 3e54_1_1 18984620 2.5 VULCANISAETA DISTRIBUTA 1 1 1 3 0 0 1 Enzyme Endonuclease Endonuclease I-Vdi141I 1 1 1 0 0, 0 0 2 0 0 0 2 1 2 1 A;B EEDFKEGYILGFIEaegsfsvsikfqrdvfGGVrldPvFsItqkNREVLEAIKEHLGIGrImekaGqPNtYVYVVdnfnELVKLINFLNKYADFMIVkKRqFLMFREIANGlVNGEhlHINGLKRLVKLAyEltKEsekgyrkyDLNHVLSIIDKWDLG;EEDFKEGYILGFIEaegsfsvsikfqrdvfGGVrldPvFsItqkNREVLEAIKEHLGIGrImekaGqPNtYvYVVdnfnELVKLINFLNKYADFMIVkKRqFLMFREIANGlVNGEhlHINGLKRLVKLAyEltKEsekgyrkyDLNHVLSIIDKWDLG C;D;E;F ctgactctcttaa;ggtagccAA;ttggctaccttaa;gagagtcAG 164 160 680 182;35;462;1 13;6;20;0;10;0;5;0;19;14;22;0;0;0;0;7;6;33;124;401 3E6C 3e6c_1_1 18717788 1.8 DESULFITOBACTERIUM HAFNIENSE 1 1 1 1 0 0 1 Transcription factor Alpha|Beta CprK 1 1 1 0 0, 0 0 2 0 0 0 2 1 2 1 C;F 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